El nuevo gobierno de José Luis Rodríguez Zapatero incluye un nuevo ministerio, el de Ciencia y Tecnología que, al margen de absorber competencias del Ministerio de Ciencia y Educación, requiere de un reparto de tareas en la ejecución de la política vinculada al sector de la Tecnología de la Información y de la Comunicación con el que hasta el momento se encarga íntegramente de su gestión: el Ministerio de Industria.
El sector de las Tecnologías de la Información y la Comunicación queda, de esta forma, repartido entre el recién creado ministerio de Ciencia y Tecnología –presidido por Cristina Garmendia– y el Ministerio de Industria –dirigido por Miguel Sebastián-.
El Ministerio de Ciencia e Innovación afronta, como objetivo, la ejecución de la política del Gobierno en materia de universidades, investigación científica y desarrollo tecnológico e innovación en todos los sectores, incluido el TIC, así como la coordinación de los organismos públicos de investigación de titularidad estatal. El ministerio se estructura en dos órganos superiores: la Secretaría de Estado de Universidades y la de Estado de Investigación.
Dicho ministerio absorbe las competencias sobre el sector de Tecnología de la Información y la Comunicación vinculadas con universidades e investigación. De esta forma, dentro de la Secretaría de Estado de Investigación -encabezada por el hasta ahora presidente del CSIC, Carlos Martínez-, se incluye la Secretaría General de Política Científica y Tecnológica con rango de subsecretaría, que coordina José Manuel Fernández de Labastida y del Olmo -que desde julio de 2004 era Vicepresidente de Investigación Científica y Técnica del CSIC-, la Dirección General de Planificación y Coordinación, que tendrá como objetivo impulsar la cooperación institucional con los agentes que intervienen en el sistema español de ciencia y tecnología; y la Subsecretaría de Ciencia e Innovación, encabezada por María Teresa Gómez Condado -Subsecretaria del Ministerio de Industria, Turismo y Comercio desde abril de 2004-.
Dentro del Ministerio de Ciencia e Innovación, la Secretaría General de Política Científica y Tecnología se incluía en la anterior legislatura dentro del Ministerio de Ciencia y Educación; la Dirección General de Planificación y Coordinación es un órgano de nueva creación, al igual que la Subsecretaría de Ciencia e Innovación.
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Su cometido pasa por consolidar y ampliar el ecosistema industrial en España y Portugal.